La Chiesa Parrocchiale di Santo Stefano è stata costruita nel 1729 su un'area occupata da templi pagani fin dal VIII secolo a.C. L'interno della Chiesa ha una sola navata, racchiude dipinti raffiguranti gli stemmi degli Scaligeri e di Venezia, del protomartire Stefano e dei simboli dei quattro Evangelisti.
La chiesa è impreziosita da 7 cappelle, la prima vicino al battistero contiene una stupenda "Deposizione della Croce" del maestro Girolamo dai Libri. La seconda è la più amata dai fedeli perchè contiene le spoglie mortali di Benigno e Caro i santi protettori di Malcesine. La terza è quella dal punto di vista architettonico e storico meno pregevole, rifatta da artisti mediocri in epoca recente (1907). La quarta è invece della massima importanza contiene il presbiterio dove si trova l'altare maggiore. La quinta è dedicata alla Madonna e ne contiene una statua, è oggetto di particolare venerazione perchè, secondo quanto scritto su una lapide, fu la Madonna a salvare Malcesine dal colera nel 1855. Anche la sesta cappella è dedicata alla Vergine. La settima cappella contiene un dipinto del Recchia del 1862.
Nel 1983 la chiesa è stata restaurata ed abbellita dal decoratore Licinio Speri.