La Casa del Podestà venne costruita verso la metà del Quattrocento quale sede del rappresentante di Venezia, cui era demandato il controllo del territorio.
Dopo che Napoleone cedette Venezia all'Austria, la Casa del Podestà passò prima di proprietà del demanio Austriaco (che ne fece una caserma) ed in seguito al Comune di Lonato che si disinteressò completamente dell'edificio. Nel 1906 venne acquistata ad un'asta pubblica dall'allora avvocato e politico Ugo Da Como. Questi, consapevole dell'importanza storica del luogo, la fece completamente restaurare dal maggiore architetto bresciano: Antonio Tagliaferri (1835-1909).
Questa è una delle case museo italiane meglio conservate, abitata fino al 1941 dal senatore bresciano Ugo Da Como. L’accesso permette di visitare oltre venti ambienti ricchi di migliaia di oggetti: centinaia di dipinti, arredi lignei, sculture, maioliche. Ma ciò che rende davvero imperdibile è la presenza di una delle biblioteche private più importanti in Italia. Il Senatore Bresciano, oltre alla costante passione per la vita fu un instancabile collezionista, colto e raffinato bibliofilo.
Museo nel museo è la biblioteca, dove sono contenuti oltre 50.000 volumi, 411 incunaboli, 469 manoscritti e codici miniati rarissimi, pergamene e stampe illustrate del XVI-XIX secolo.